Die Flensburger Brauerei Emil Petersen GmbH und Co. KG wurde am 6. September 1888 als "Flensburger Export-Brauerei" in Flensburg gegründet. Heute erzeugt die Brauerei verschiedenste Biere, welche - trotz vergleichsweise hoher Produktionskosten - in klassische Bügelflaschen abgefüllt werden. Bis in die 80er Jahre hinein war die Flensburger Brauerei die einzige, die Bier noch in Bügelflaschen abfüllte.
Neben dem "Flens" genannten Flensburger Pilsener (alc. 4,8% vol.) produziert die Brauerei folgende Sorten:
Für die coop Schleswig-Holstein eG stellt die Flensburger Brauerei zudem das Bier der Marke Unser Norden her:
Die oft gehörte Behauptung, dass Flensburger Pilsener dasselbe sei wie "Bölkstoff", das Lieblingsgetränk der Comic-Figur Werner, ist falsch. Erst seit 2002 wird das Fan-Bier von der Flensburger Brauerei abgefüllt, von 1989 bis 2002 war die Gildebrauerei Hannover verantwortlich für die Distribution und Abfüllung. Nach Übernahme der Brauerei durch die Interbrew-Gruppe wurde die Marke verkauft. Allerdings tranken Werner und seine Freunde in den früheren Werner-Comics ausschließlich Flens. Eine nicht zu unterschätzende kostenlose Werbung für das Flensburger Pilsener. Zu einem Bruch mit der Flensburger Brauerei kam es mit dem Werner-Band "Besser is' das", auf dem Werner eine damals von Gilde produzierte "Bölkstoff-Flasche" hoch hielt. Die Flensburger Brauerei erwirkte, dass der Schriftzug "Besser is' das!" auf allen Buchtiteln geschwärzt werden musste, weshalb dieser Band auch als Werner - xxxxx angeboten wurde.
Nach eigenen Angaben der Brauerei stamme das Brauwasser aus unterirdischen Gletscherströmen Nordskandinaviens, wird aus einer Tiefe von etwa 240 Metern geholt und sei somit schadstoffrei.
Eine weitere Besonderheit ist die Fernseh- und Rundfunkwerbung der Flensburger Brauerei, die meist auf norddeutsche Umgebung und "norddeutschen" Humor setzt. Dieser Humor basiert auf meist sehr trockenen, überraschenden Wortspielen, wie sie auch durch die Werner-Comics bundesweit populär geworden sind.
Zudem ist Flensburger eine der wenigen bundesweit operierenden Brauereien die noch nicht zu einem der Brauereigroßkonzerne wie Interbrew oder Brau & Brunnen gehört, sondern sich weitgehend in Familienbesitz befindet.